Pura Ponjok Batu diberi nama mungkin lantaran pura ini berdekatan dengan onggokan batu hitam. Pura ini letaknya termasuk di timur laut Pulau Bali di wilayah Desa Alasasari, Kecamatan Tejakula, Buleleng dan mudah dijangkau kendaraan. Dari Denpasar jaraknya sekitar 107 Km melalui Jl. Jurusan Denpasar-Singaraja lewat Bedugul. Jika melalui Kintamani, jaraknya dari Denpasar sekitar 122 Km. di sekitar pura, banyak pohon tumbuh menghijau. Deburan ombak sering terdengar bersautan, membuat suasana menjadi indah.
Berdasarkan penemuan arca bertangan empat (Catur Buja) dan Lembu Nandini, diperkirakan arca itu adalah patung Siwa Mahadewa, sebagaimana lazimnya yang ditemukan di sejumlah peninggalan di Jawa Tengah seperti di Candi Pranbanan. Dengan demikian, diduga, pura ini telah berdiri pada awal VIII-XIII.Sebab dalam abad XIV, tidak bisa lagi dibuat Patung Siwa Mahadewa dengan Lembu Nandini seperti itu.
Menurut penuturan pula, Dang Hyang Nirartha juga pernah singgah dan bersemadhi di onggokan batu ini.Sebagaimana diketahui, Dhang Hyang Nirartha datang dari Majapahit sekitar abad XVI pada waktu Pemerintahan Dalem Watu Renggong di Bali. Beliau memang suka bertitrayatra. Dimanapun beliau bertitrayatra dan bersamadhi, didirikanlah pura untuk memuja beliau.Tempat pemujaan beliau, tidak dibuatkan meru tumpang tiga. Bentuk pelinggih yang dibuat yakni semacam gedong yang bagian mukanya terbuka (tidak memakai pintu) dan terbuat dari beton semen.
Pada bagian depan bangunan Gedong Bhatara Sakti Wawu Rawuh itu terdapat suatu tahun candrasangkala yang berbunyi, “Dwa Kerthi Ngastiti Widhi” yang artinya tahun Saka 1882 atau tahun 1960 Masehi. Rupanya, pada tahun 1960, merupakan saat restorasi pelinggih gedong itu dilaksanakan dimana hampir semua bangunan yang ada di sini dibuat dari beton semen yang diukir. Di tepi pantai pada bagian depan pura di seberang jalan menuju Tejakula ada keluar mata air tawar dan di tempat inilah orang mengambil tirtha untuk upacara. Pada saat air laut pasang, mata air tawar ini tidak kelihatan. Sebab itu dibuatlah tugu penyawangan tirtha di pantai yang agak ketinggian untuk tempat matur piuning mohon tirtha.
Pada halaman yang paling dalam atau halaman jeroan terdapat beberapa buah bangunan pelinggih antara lain:
Pelinggih kembar sebagai stana Ratu Ayu Mas Mengening
1. Palinggih gedong sebagai stana Bhatara Sakti Wawu Rawuh
2. Palinggih Ratu Bagus
3. Palinggih Ratu Bagus Ngurah
4. Palinggih Ratu Mas Pengukiran
5. Palinggih Ratu Penyarikan
6. Palinggih Pesucian untuk Ida Bhatara
7. Patung/arca lembu.
Di luar jeroan itu, di Jaba Tengah (halaman tengah) terdapat bangunan antara lain:
- Pelinggih Padmasari
- Bale Piyasan
Pengemong pura adalah Desa Alassari, Tejakula, Penyiwinya adalah desa-desa di Kecamatan Tejakula. Upacara piodalan yakni pada Purnama Sasih Kedasa dengan tingkat upacara kecil atau alit, sedangkan pada Sasih Kasa Panglong Ping Tiga tingkat upacaranya besar. Tentang status pura, oleh karena berhubungan dengan Dang Hyang Nirarta, maka pura ini dapat dikatakan sebagai Dang Kahyangan.
Di pantai Pura Ponjok Batu ini ada air tawar mengalir. Air ini dijadikan tirtha. Di sebelah kiri tampak perahu buatan yang dibangun dari beton untuk mengenang perjalanan Dang Hyang Nirartha beserta pengikutnya. Dang Hyang Nirarta sendiri memakai labu untuk berlayar, karena perahu itu tak cukup menampung muatan.